SARS-CoV-2 Variants

Media www.rajawalisiber.com – SARS-CoV-2, virus penyebab COVID-19, berdampak besar pada kesehatan manusia secara global; menginfeksi banyak orang; menyebabkan penyakit parah dan gejala sisa kesehatan jangka panjang terkait; mengakibatkan kematian dan kematian yang berlebihan, terutama di antara populasi yang lebih tua dan rentan; mengganggu layanan perawatan kesehatan rutin; gangguan perjalanan, perdagangan, pendidikan, dan banyak fungsi sosial lainnya; dan lebih luas lagi memiliki dampak negatif pada kesehatan fisik dan mental masyarakat. Sejak dimulainya pandemi COVID-19, WHO telah menerima beberapa laporan tentang kejadian kesehatan masyarakat yang tidak biasa yang kemungkinan disebabkan oleh varian SARS-CoV-2. WHO secara rutin menilai apakah varian SARS-CoV-2 mengakibatkan perubahan dalam penularan, presentasi klinis dan keparahan, atau jika berdampak pada tindakan pencegahan, termasuk diagnostik, terapeutik dan vaksin. Laporan mutasi D614G sebelumnya dan laporan varian virus baru-baru ini dari Kerajaan Denmark, Kerajaan Inggris Raya dan Irlandia Utara, serta Republik Afrika Selatan telah meningkatkan minat dan keprihatinan terhadap dampak perubahan virus.

Varian SARS-CoV-2 dengan substitusi D614G dalam gen yang mengkode protein lonjakan muncul pada akhir Januari atau awal Februari 2020. Selama beberapa bulan, mutasi D614G menggantikan strain SARS-CoV-2 awal yang diidentifikasi di Cina. dan pada Juni 2020 menjadi bentuk dominan virus yang beredar secara global. Studi pada sel pernapasan manusia dan model hewan menunjukkan bahwa dibandingkan dengan strain virus awal, strain dengan substitusi D614G telah meningkatkan infektivitas dan penularan. Virus SARS-CoV-2 dengan substitusi D614G tidak menyebabkan penyakit yang lebih parah atau mengubah keefektifan diagnostik laboratorium, terapeutik, vaksin, atau tindakan pencegahan kesehatan masyarakat yang ada.

Pada Agustus dan September 2020, varian SARS-CoV-2 yang terkait dengan infeksi di antara cerpelai yang dibudidayakan dan kemudian ditularkan ke manusia, diidentifikasi di North Jutland, Denmark. Varian tersebut, yang disebut sebagai varian “Cluster 5” oleh otoritas Denmark, memiliki kombinasi mutasi yang sebelumnya tidak diamati. Karena studi pendahuluan yang dilakukan di Denmark, ada kekhawatiran bahwa varian ini dapat mengurangi netralisasi virus pada manusia, yang berpotensi menurunkan perpanjangan dan durasi perlindungan kekebalan setelah infeksi atau vaksinasi alami. Studi sedang berlangsung untuk menilai netralisasi virus di antara manusia dengan varian ini. Hingga saat ini, setelah penyelidikan dan pengawasan ekstensif, pihak berwenang Denmark telah mengidentifikasi hanya 12 kasus manusia dari varian Cluster 5 pada September 2020, dan tampaknya tidak menyebar secara luas.

Pada 14 Desember 2020, pihak berwenang Inggris melaporkan kepada WHO varian yang dirujuk oleh Inggris sebagai SARS-CoV-2 VOC 202012/01 (Varian Kepedulian, tahun 2020, bulan 12, varian 01). Varian ini berisi 23 substitusi nukleotida dan tidak terkait secara filogenetik dengan virus SARS-CoV-2 yang beredar di Inggris pada saat varian itu terdeteksi. Bagaimana dan dari mana SARS-CoV-2 VOC 202012/01 berasal tidak jelas. SARS-CoV-2 VOC 202012/01 awalnya muncul di Inggris Tenggara tetapi dalam beberapa minggu mulai menggantikan garis keturunan virus lain di wilayah geografis ini dan London. Pada 26 Desember 2020, SARS-CoV-2 VOC 202012/01 telah diidentifikasi dari pengambilan sampel rutin dan pengujian genomik yang dilakukan di seluruh Inggris Raya. Penemuan epidemiologi, pemodelan, filogenetik dan klinis awal menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 VOC 202012/01 telah meningkatkan penularan. Namun, analisis pendahuluan juga menunjukkan bahwa tidak ada perubahan dalam tingkat keparahan penyakit (yang diukur dengan lama rawat inap dan kematian kasus 28 hari), atau terjadinya infeksi ulang antara kasus varian dibandingkan dengan virus SARS-CoV-2 lain yang beredar di Inggris Raya. .1 Mutasi lain pada varian VOC 202012/01, penghapusan pada posisi 69 / 70del ditemukan mempengaruhi kinerja beberapa uji PCR diagnostik dengan target gen S. Sebagian besar tes PCR yang digunakan di seluruh dunia akan menggunakan beberapa target dan oleh karena itu dampak varian pada diagnosis tidak diantisipasi menjadi signifikan. Evaluasi laboratorium menunjukkan tidak ada pengaruh yang signifikan terhadap kinerja perangkat aliran lateral berbasis antigen. Per 30 Desember, varian VOC-202012/01 telah dilaporkan di 31 negara / wilayah / wilayah lain di lima dari enam wilayah WHO.

Pada 18 Desember, otoritas nasional di Afrika Selatan mengumumkan deteksi varian baru SARS-CoV-2 yang menyebar dengan cepat di tiga provinsi di Afrika Selatan. Afrika Selatan menamai varian ini 501Y.V2, karena mutasi N501Y. Sementara SARS-CoV-2 VOC 202012/01 dari Inggris juga memiliki mutasi N501Y, analisis filogenetik menunjukkan bahwa 501Y.V2 dari Afrika Selatan adalah varian virus yang berbeda. Pada minggu awal 16 November, pengurutan rutin oleh otoritas kesehatan Afrika Selatan menemukan bahwa varian SARS-CoV-2 baru ini sebagian besar telah menggantikan virus SARS-CoV-2 lainnya yang beredar di provinsi Eastern Cape, Western Cape, dan KwaZulu-Natal. Sementara data genom menyoroti bahwa varian 501.V2 dengan cepat menggantikan garis keturunan lain yang beredar di Afrika Selatan, dan penelitian pendahuluan menunjukkan bahwa varian tersebut terkait dengan viral load yang lebih tinggi, yang mungkin menunjukkan potensi peningkatan penularan, hal ini, serta faktor lain yang memengaruhi transmisi, menjadi subjek penyelidikan lebih lanjut. Selain itu, pada tahap ini, tidak ada bukti yang jelas tentang varian baru yang dikaitkan dengan penyakit yang lebih parah atau hasil yang lebih buruk. Penyelidikan lebih lanjut diperlukan untuk memahami dampak pada penularan, keparahan klinis infeksi, diagnostik laboratorium, terapeutik, vaksin, atau tindakan pencegahan kesehatan masyarakat. Pada 30 Desember, varian 501Y.V2 dari Afrika Selatan telah dilaporkan dari empat negara lain hingga saat ini.

Respon kesehatan masyarakat

Pihak berwenang di negara-negara yang terkena dampak sedang melakukan penyelidikan epidemiologis dan virologi untuk menilai lebih lanjut penularan, keparahan, risiko infeksi ulang dan respons antibodi terhadap varian baru. Karena salah satu mutasi (N501Y) – ditemukan pada varian SARS-CoV-2 VOC 202012/01 dan 501Y.V2 – berada dalam domain pengikatan reseptor, pihak berwenang sedang menyelidiki aktivitas netralisasi serum dari pasien yang dipulihkan dan divaksinasi terhadap varian ini untuk menentukan apakah ada dampak pada kinerja vaksin. Studi ini sedang berlangsung.

Data genom varian SARS-CoV-2 VOC 202012/01 dan 501Y.V2 telah dibagikan oleh otoritas nasional dan diunggah ke Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) dan pengawasan genomik virus terus berlanjut, secara global.

Kegiatan berikut telah dimulai:

Otoritas nasional yang telah melaporkan varian virus sedang melakukan pengambilan sampel yang intensif untuk memahami seberapa luas varian baru ini beredar.Tim ilmiah nasional sedang mempelajari efek mutasi pada potensi infeksi ulang, vaksinasi, pengujian diagnostik, keparahan infeksi, dan penularan.Peneliti dan otoritas pemerintah bekerja dengan WHO dan berkolaborasi dengan anggota kelompok kerja evolusi virus SARS-CoV-2 WHO untuk menilai temuan epidemiologi, pemodelan, filogenetik dan laboratorium saat hasilnya tersedia. WHO bekerja dengan negara-negara untuk mengidentifikasi bagaimana sistem pengawasan saat ini dapat diperkuat atau diadaptasi untuk mengevaluasi potensi variasi virus melalui surveilans klinis dan epidemiologi sistematis yang berkelanjutan, pembentukan kapasitas pengurutan genetik jika memungkinkan, dan menyediakan akses ke layanan pengurutan internasional untuk mengirim sampel untuk pengurutan dan analisis filogenetik. Komunikasi risiko dan aktivitas keterlibatan komunitas itu ditingkatkan untuk menjelaskan implikasi kesehatan masyarakat dari varian SARS-CoV-2 kepada publik dan menekankan pentingnya mempertahankan tindakan pencegahan yang berkelanjutan untuk mengurangi penularan seperti memakai penutup wajah, mempraktikkan kebersihan tangan dan etika batuk, menjaga jarak fisik, memastikan baik ventilasi dan menghindari tempat keramaian.

Sebagai bagian dari jaringan laboratorium global SARS-CoV-2 WHO, yang telah memantau mutasi virus sejak awal pandemi, kelompok kerja khusus evolusi virus dibentuk pada Juni 2020, terdiri dari para ahli dalam sekuensing, bioinformatika, dan in vivo dan studi laboratorium in vitro. Kelompok Kerja Evolusi Virus bekerja untuk 1) memperkuat mekanisme untuk mengidentifikasi dan memprioritaskan (berpotensi) mutasi yang relevan; 2) mengidentifikasi mutasi yang relevan sejak dini dan mempelajari potensi dampak yang terkait dengan karakteristik virus (misalnya virulensi, penularan) dan keefektifan tindakan pencegahan yang tersedia dan di masa mendatang (misalnya diagnostik, vaksin, dan terapeutik); 3) mengevaluasi kemungkinan strategi mitigasi untuk mengurangi dampak negatif mutasi; dan 4) mempelajari dampak mutasi spesifik, termasuk penelitian varian in vitro dan in vivo yang dikendalikan laboratorium. Berbagi sekuens genom lengkap memfasilitasi analisis terperinci oleh mitra. Working Group bekerja sama dengan ilmuwan internasional dengan cakupan keahlian yang luas di bidang virologi pada umumnya dan virus corona secara khusus untuk lebih memahami temuan penelitian dan mendukung studi lebih lanjut.

Penilaian risiko WHO

Semua virus, termasuk SARS-CoV-2, berubah dari waktu ke waktu, sebagian besar tanpa manfaat langsung bagi virus dalam hal peningkatan penularan atau penularannya, dan terkadang membatasi penyebarannya (lihat Tanya Jawab tentang COVID-19 dan topik kesehatan terkait). Potensi mutasi virus meningkat dengan frekuensi infeksi pada manusia dan hewan. Oleh karena itu, mengurangi penularan SARS-CoV-2 dengan menggunakan metode pengendalian penyakit yang sudah mapan serta menghindari masuknya populasi hewan merupakan aspek penting dalam strategi global untuk mengurangi terjadinya mutasi yang berdampak negatif pada kesehatan masyarakat.

Data awal menunjukkan bahwa laju pertumbuhan dan jumlah reproduksi efektif meningkat di wilayah Inggris Raya dengan sirkulasi komunitas varian baru VOC-202012/01. Di Afrika Selatan, data genom menyoroti bahwa varian 501Y.V2 dengan cepat menggantikan garis keturunan lain yang beredar, dan penelitian pendahuluan memberi kesan bahwa varian tersebut terkait dengan viral load yang lebih tinggi, yang mungkin memberi kesan potensi peningkatan penularan; namun, ini, serta faktor-faktor lain yang mempengaruhi penularan, harus diselidiki lebih lanjut. Investigasi epidemiologi sedang dilakukan untuk memahami peningkatan kasus di komunitas ini dan peran potensial dari peningkatan penularan varian ini serta kekuatan implementasi langkah-langkah pengendalian. Meskipun penilaian awal menunjukkan bahwa 202012/01 dan 501Y.V2 tidak menyebabkan perubahan dalam presentasi atau keparahan klinis, jika menyebabkan insiden kasus yang lebih tinggi, hal ini akan menyebabkan peningkatan rawat inap dan kematian COVID-19. Tindakan kesehatan masyarakat yang lebih intensif mungkin diperlukan untuk mengontrol penularan varian ini.

Penyelidikan lebih lanjut diperlukan untuk memahami dampak mutasi spesifik pada sifat virus dan keefektifan diagnostik, terapeutik dan vaksin. Penyelidikan ini rumit dan membutuhkan waktu dan kolaborasi di antara kelompok penelitian yang berbeda. Studi ini sedang berlangsung.

Saran WHO

Otoritas nasional dan lokal harus terus memperkuat kegiatan pengendalian penyakit yang ada, termasuk memantau epidemi mereka secara dekat melalui pengawasan epidemiologi yang sedang berlangsung dan pengujian strategis; melakukan investigasi wabah dan pelacakan kontak; dan jika sesuai, menyesuaikan kesehatan masyarakat dan tindakan sosial untuk mengurangi penularan SARS-CoV-2.

WHO lebih lanjut menyarankan negara-negara, jika memungkinkan, untuk meningkatkan pengurutan sistematis rutin virus SARS-CoV-2 untuk lebih memahami penularan SARS-CoV-2 dan untuk memantau munculnya varian. Data urutan harus dibagikan secara internasional melalui database yang dapat diakses publik. Di negara-negara dengan kapasitas pengurutan, WHO menyarankan pengurutan isolat dari subset infeksi SARS-CoV-2 yang dipilih secara sistematis – jumlahnya akan tergantung pada kapasitas lokal. Pengurutan genetik juga harus dipertimbangkan sebagai bagian dari investigasi kejadian penularan yang tidak biasa (misalnya peningkatan penularan meskipun ada tindakan pengendalian yang ada) atau presentasi / keparahan penyakit yang tidak terduga. Jika terdapat kapasitas pengurutan yang terbatas, negara didorong untuk meningkatkan kapasitas bekerja sama dengan laboratorium pengurutan publik, akademik dan swasta, dan dapat mengatur pengurutan di laboratorium yang berkolaborasi dalam jaringan laboratorium rujukan COVID-19.

Sementara mutasi SARS-CoV-2 diharapkan, penting untuk terus memantau implikasi kesehatan masyarakat dari varian virus baru. Peningkatan transmisi yang terkait dengan varian SARS-CoV-2 dapat membuat pengendalian lebih sulit. Tindakan pengendalian penyakit saat ini yang direkomendasikan oleh WHO terus efektif dan harus disesuaikan dalam menanggapi peningkatan kejadian penyakit, apakah dikaitkan dengan varian baru atau tidak.

Saran pencegahan dan komunikasi untuk publik harus lebih diperkuat, termasuk tindakan pencegahan untuk melindungi diri sendiri dan orang lain seperti menjaga jarak fisik, memakai masker, menjaga ruangan berventilasi baik, menghindari keramaian, membersihkan tangan, dan batuk ke siku atau tisu yang tertekuk. Selain itu, panduan dan tindakan pencegahan dan pengendalian infeksi harus diperkuat, termasuk:

Gunakan alat pelindung diri yang sesuai saat merawat orang yang menderita penyakit pernapasan akut; Sering-seringlah melakukan cuci tangan, terutama setelah kontak langsung dengan orang yang sakit atau lingkungannya Berlatih etiket batuk (menjaga jarak, menutupi batuk dan bersin dengan tisu atau pakaian sekali pakai, dan mencuci tangan) Meningkatkan praktik pencegahan dan pengendalian infeksi standar di rumah sakit, terutama di bagian gawat darurat Kenakan masker jika sesuai, pastikan ventilasi yang baik jika memungkinkan dan hindari tempat yang ramai

WHO baru-baru ini menerbitkan panduan sementara – “Pertimbangan untuk menerapkan pendekatan berbasis risiko untuk perjalanan internasional dalam konteks COVID-19”, merekomendasikan prinsip-prinsip berikut untuk pelancong internasional dalam konteks Pandemi COVID-19:

Kasus yang dikonfirmasi, kemungkinan dan dicurigai, dan kontak dari kasus yang dikonfirmasi atau kemungkinan tidak boleh bepergian Orang dengan tanda atau gejala apa pun yang kompatibel dengan COVID-19 tidak boleh bepergian, kecuali pengujian diagnostik COVID-19 telah dilakukan dan infeksi SARS-CoV-2 telah diatur. Orang yang tidak sehat harus disarankan untuk menunda perjalanan Orang yang berisiko terkena penyakit parah dari COVID-19, termasuk orang yang berusia 60 tahun atau lebih atau mereka dengan penyakit penyerta yang meningkatkan risiko COVID-19 parah (misalnya jantung penyakit, kanker dan diabetes) harus disarankan untuk menunda perjalananTergantung pada batasan lokal, orang yang tinggal di daerah di mana terdapat pembatasan pergerakan komunitas tidak boleh diizinkan untuk melakukan perjalanan untuk tujuan yang tidak pentingJika gejala yang menunjukkan penyakit pernapasan akut baik selama atau setelah perjalanan, pelancong didorong untuk mencari perhatian medis dan berbagi riwayat perjalanan mereka dengan penyedia layanan kesehatan mereka

Otoritas kesehatan harus bekerja dengan sektor perjalanan, transportasi dan pariwisata untuk menyediakan wisatawan, termasuk ke dan dari negara-negara yang terkena dampak varian baru, dengan informasi yang disebutkan di atas, melalui klinik kesehatan perjalanan, agen perjalanan, operator alat angkut dan titik masuk, serta komunitas yang berbatasan dengan perbatasan darat dengan negara yang terkena dampak.

Panduan sementara juga memberi negara pendekatan berbasis risiko untuk pengambilan keputusan, mengkalibrasi langkah-langkah mitigasi risiko terkait perjalanan dalam konteks perjalanan internasional, yang bertujuan untuk mengurangi ekspor terkait perjalanan, impor, dan transmisi lanjutan SARS-CoV-2 sementara menghindari gangguan yang tidak perlu dengan lalu lintas internasional. Beberapa negara baru-baru ini memperkenalkan pembatasan perjalanan sebagai tindakan pencegahan dalam menanggapi munculnya varian baru. WHO merekomendasikan agar semua negara mengambil pendekatan berbasis risiko untuk menyesuaikan langkah-langkah dalam konteks perjalanan internasional, yang mencakup penilaian penularan lokal, kapasitas layanan kesehatan, apa yang diketahui tentang tingkat penularan varian tertentu; dampak sosial dan ekonomi dari pembatasan; dan kepatuhan terhadap kesehatan masyarakat dan tindakan sosial. Otoritas nasional didorong untuk mempublikasikan metodologi penilaian risiko mereka dan daftar negara atau wilayah keberangkatan yang menerapkan pembatasan; dan ini harus diperbarui secara berkala.

Sejalan dengan saran yang diberikan oleh Komite Darurat tentang COVID-19 pada pertemuan terbarunya, WHO merekomendasikan agar Negara-negara Pihak secara teratur mempertimbangkan kembali langkah-langkah yang diterapkan pada perjalanan internasional sesuai dengan Pasal 43 Peraturan Kesehatan Internasional (2005) dan melanjutkan untuk memberikan informasi dan alasan kepada WHO tentang tindakan yang secara signifikan mengganggu lalu lintas internasional. Negara-negara juga harus memastikan bahwa tindakan yang mempengaruhi lalu lintas internasional berbasis risiko, berbasis bukti, koheren, proporsional dan terbatas waktu.

Dalam semua keadaan, perjalanan penting (misalnya, petugas tanggap darurat; penyedia dukungan teknis kesehatan masyarakat; personel penting di sektor transportasi dan keamanan seperti pelaut; repatriasi; dan transportasi kargo untuk persediaan penting seperti makanan, obat-obatan dan bahan bakar) yang diidentifikasi oleh negara harus selalu diprioritaskan dan difasilitasi.( World Health Organization, Avenue Appia 20, 1202 Geneva 27, Switzerland )

 

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *